La banda è alle prese con la scuola e con i propri genitori in un paesino di nome Crystal Cove. Velma attira i visitatori nel museo del paese dove sono esposte le statue dei mostri che hanno smascherato e intanto cerca di approfondire i rapporti con Shaggy. I genitori di Shaggy e il padre di Fred non vogliono fargli risolverli altri misteri perché pensano sia pericoloso. Quelli di Daphne non approvano il suo amore per Fred e i misteri. Un altro problema è che Mr. E, un personaggio sconosciuto, tiene prigionieri la Mystery Incorporated, una squadra di investigatori. Per salvarli i nostri amici devono completare un puzzle risolvendo diversi misteri.